دستگاه‌های مورد استفاده در این بخش عبارتند از:
HPLC
یکی از خصوصیات منحصر به فرد بخش دستگاهی آزمایشگاه ماکیان مکمل استفاده از دستگاه HPLC است. HPLC یکی از دستگاه‌های آزمایشگاه می‌باشد که کاربردهای بسیار گسترده و متنوعی در صنعت خوراک دام و طیور دارد. از جمله اندازه‌گیری سطح ویتامین‌های محلول در آب، ویتامین‌های محلول در چربی، اسیدهای آمینه و سموم قارچی مانند آفلاتوکسین‌ها را می توان با این دستگاه انجام داد. تجهیز آزمایشگاه شرکت ماکیان مکمل به دستگاه HPLC کمک مؤثری به نهادینه سازی نظام مدیریت یکپارچه کنترل کیفی این آزمایشگاه نموده است.
اتوآنالایزر (AUTOANALYSER)
یکی دیگر از دستگاه‌های مورد استفاده در این آزمایشگاه دستگاه اتوآنالایزر (AutoAnalyser) است. این دستگاه قابلیت اندازه‌گیری 120 پارامتر خون را به‌طور همزمان داراست. به این ترتیب می‌توان اثرات خوراک دام و طیور بر روی بدن حیوانات را به‌طور دقیق مورد بررسی قرار داد.
جذب اتمی (ATOMIC ABSORPTION)
یکی دیگر از تجهیزات پیشرفته آزمایشگاه، دستگاه جذب اتمی (Atomic Absorption) است که دارای سیستم MHS و نیز سیستم لامپ‌های دقیق هالو کاتد (HCL) و ای دی ال (EDL) است. اسپکتروسکوپی جذب اتمی (AAS) یک روش آنالیز برای اندازه‌گیری عناصر فلزی می‌باشد که در اندازه‌گیری میزان خلوص تمام مواد معدنی مصرفی در مکمل‌ها و سنجش عناصر سنگین مانند سرب، کادمیوم، آرسنیک و جیوه با دقت یک در یک میلیارد واحد کاربرد دارد.
فلیم فتومتر (FLAME PHOTOMETER)
فلیم فتومتر دستگاهی است که برای اندازه‌گیری غلظت مواد معدنی به کار می‌رود. با استفاده از این دستگاه، می‌توان عناصری مانند سدیم، پتاسیم و لیتیم را اندازه‌گیری نمود.
اسپکتروفتومتر UV-VIS (SPECTROSCOPY)
اسپکتروفتومتر UV-Vis یکی از دستگاه‌هایی است که در آزمایشگاه کاربرد زیادی دارد. با استفاده از این دستگاه می‌توان سطوح کمی عناصری مانند فسفر، اوره آز و برخی از فلزات واسطه را اندازه‌گیری نمود. به‌طور کلی اسپکتروفتومتر قادر به اندازه‌گیری نمونه‌هایی که به صورت محلول آماده شده‌اند، می‌باشد. اما جهت مطالعه بر روی مواد جامد یا گازی شکل نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد.
سوکسله چربی (SOXHLET EXTRACTOR)
سوکسله چربی برای اندازه‌گیری چربی موجود در خوراک به‌صورت درصد وزنی کاربرد دارد.
سانتریفیوژ آزمایشگاهی (LABORATORY CENTRIFUGE)
سانتریفیوژ در واقع در آزمایشگاه جهت جداسازی خون به‌کار می‌رود. همچنین در آزمایشگاه شیمیایی نیز برای جداسازی محلول‌هایی که دارای ذرات معلق می‌باشند، مورد استفاده قرار می‌گیرد.